Вследствие сильного пожара, случившегося в 1789 году, в храме был уничтожен иконостас, да и само здание очень сильно пострадало. Реставрация иконостаса состоялась лишь в начале прошлого века, а немного позднее представители советской власти запретили использовать помещение для богослужений.

В годы Великой Отечественной войны подвалы собора были надежным укрытием от бомбежек.

В начале 90-х годов XX века Успенско-Николаевский собор был объявлен историческим и архитектурным памятником.

Позднее здесь же начали строить Марфо-Мариинский женский монастырь. Собор, переданный святой обители, сейчас расположен в черте монастыря.